CẢI TIẾN GIỐNG KHOAI

Thứ Bảy, 30 tháng 11, 2024

Xác định quy mô toàn hệ gen cây khoai lang, gen mã hóa “U-Box E3 ubiquitin ligases” và vai trò của IbPUB52 trong điều khiển tiêu cực với stress khô hạn

 Xác định quy mô toàn hệ gen cây khoai lang, gen mã hóa “U-Box E3 ubiquitin ligases” và vai trò của IbPUB52 trong điều khiển tiêu cực với stress khô hạn

Nguồn: Shanwu LyuYaping MaoYi ZhangTianli YuXuangang YangHongbo ZhuShulin Deng. 2024. Genome-wide identification of sweet potato U-Box E3 ubiquitin ligases and roles of IbPUB52 in negative regulation of drought stress. Physiol Plant.; 2024 Sep-Oct; 176(5):e14568. doi: 10.1111/ppl.14568.

 

Protein U-box (PUB) của thực vật, họ “ubiquitin ligases (E3) enzymes”, là họ protein then chốt trong điều phối nhiều tiến trình sinh học và giúp cho phản ứng của cây đối với các tác nhân gây stess bởi ngoại cảnh. Mặc dù chúng có vai trò quan trọng như vậy, nhưng người ta rất hạn chế trong khai thác đặc điểm của họ gen PUB và sự đa dạng chức năng của chúng trong cây khoai lang (Ipomoea batatas (L.) Lam.). Có 81 gen IbPUB được phân lập trong hệ gen cây khoai lang, chúng được phân nhóm thành 8 groups khác nhau dựa trên cơ sở kiến trúc “domain”, điều ấy chỉ ra rằng có sự phân bố không đồng nhất trên 15 nhiễm sắc thể của Ipomoea batatas. Người ta tìm thấy “cis-acting elements” làm lóe sáng khả năng tiềm ẩn của PUBs để tham gia vào hàng loạt các quá trình sinh học, đặc biệt là, nhấn mạnh vai trò của chúng trong phản ứng trung gian với stress phi sinh học. Phổ biểu hiện transcriptome cho thấy rằng: các gen  IbPUB biểu hiện ở mức độ rất rộng trong các mô tế bào khác nhau và được điều tiết bởi stress mặn hoặc khô hạn. IbPUB52 biểu hiện như một gen hết sứ thú vị bởi sự cảm ứng của nó với stress mặn và khô hạn. Kết quả nghiên cứu định vị gen cho thấy IbPUB52 có trong nhân và tế bào chất, và hoạt động “ubiquitin hóa” đã và đang được minh chứng thông qua kết quả xét nghiệm in vitro  in vivo. Điều hấp dẫn là, biểu hiện gen dị hợp tử IbPUB52 trong cây Arabidopsis cho thấy sự chống chịu hạn lại suy giảm. Thực hiện kỹ thuật VIGS (virus-induced gene silencing) đối với gen IbPUB52 trong khoai lang cho thấy tính chống chịu khô hạn được tăng cường. Minh chứng này  gh nhận IbPUB52 điều tiết một cách tiêu cực tính chống chịu khô hạn của cây. Kết quả là công cụ nâng cao sự hiểu biết của chúng ta về động lực học chức năng của PUB E3 ubiquitin ligases trong khoai lang.

 

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39377156/

Thụ thể của hai “ligands” điều khiển tính miễn dịch và phản ứng hormone của khoai tây đối với effector của tuyến trùng Globodera pallida

 Thụ thể của hai “ligands” điều khiển tính miễn dịch và phản ứng hormone của khoai tây đối với effector của tuyến trùng Globodera pallida

Nguồn: Li HuangYulin YuanChloe RamirezZhe ZhaoLetian ChenThomas GriebelJoanna KudJoseph C. KuhlAllan CaplanLouise-Marie Dandurand, and Fangming Xiao. 2024. A receptor for dual ligands governs plant immunity and hormone response and is targeted by a nematode effector. PNAS; October 10, 2024; 121 (42) e2412016121; https://doi.org/10.1073/pnas.2412016121

 

Hình: Potato cyst nematode (Globodera pallida)  

 

Kết quả nghiên cứu chỉ ra rằng một cơ chế chưa được mô tả trong bảo vệ thực vật, ở đó, một thụ thể ghi nhận tín hiện đơn StNILR1 (single pattern recognition receptor) xác định được một phân tử gắn với tuyến trùng NAMP (nematode-associated molecular pattern) con ascaroside #18 (Ascr18) cũng như kích thích tố thực vật brassinosteroid (BR) để kích hoạt những phản ứng khác nhau về sinh lý. Bên cạnh đó, người ta xác định một effector của tuyến trùng (RHA1B) làm gián đoạn tín hiệu kép này thông qua việc tiến đến thụ thể StNILR1 để phân giải. Kết quả đã làm loé sáng sự tương tác phức tạp giữa miễn dịch thực vật, điều hòa hormone, và sự ký sinh của tuyến trùng.

 

Theo nghiên cứu này, thụ thể ghi nhận tính hiệu của khoai tây (Solanum tuberosum)  PRR có chức năng của NEMATODE-INDUCED LEUCINE-RICH REPEAT (LRR)-RLK1 (StNILR1) là thụ thể kép (dual receptor), ghi nhận tín hiệu của cả phân tử ascaroside #18 (Ascr18) của tuyến trùng và tín hiệu của BR (plant hormone brassinosteroid) để tăng hoạt ra hai kết quả sinh lý khác nhau: PTI (pattern-triggered immunity) và phản ứng BR. Tín hiệu Ascr18/BR-StNILR1 yêu cầu cần phải có thụ thể coreceptor potato “BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-ASSOCIATED RECEPTOR KINASE 1 (StBAK1)” và việc nhận ra được “ligand” làm mạnh thêm tương tác của StNILR1 với StBAK1 trong tế bào thực vật. Rất đáng kể là, tuyến trùng sưng rễ khoai tây (Globodera pallida) sử dụng effector RHA1B, có chức năng như enzyme “ubiquitin ligase”, để đánh dấu mục tiêu StNILR1 phục vụ nội dung thoái hóa protein phụ thuộc vào proteasome trên nền tảng ubiquitin hóa (protein phân rả thành amino acid), do đó, phản công lại Ascr18/BR-StNILR1-mediated PTI trong cây khoai tây và làm dễ dàng cho tiến trình ký sinh của tuyến trùng. Kết qảu đã mở rộng sự hiểu biết của chúng ta về “tính chuyên tính của PRR” và cho thấy một cơ chế ký sinh mới của tuyến trùng nhằm đến chu trình truyền tín hiệu PTI.

 

Xem https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2412016121

Tạo căng thẳng cho khoai tây chống chịu với khí hậu tốt hơn

 Tạo căng thẳng cho khoai tây chống chịu với khí hậu tốt hơn

Nhiệt độ cao, hạn hán và lũ lụt - toàn bộ thiên nhiên đang chịu áp lực và khoai tây cũng không ngoại lệ. Là một loại lương thực chính, người ta đặc biệt quan tâm đến việc tạo ra khoai tây thích ứng với thực tế khí hậu mới. Là một phần của dự án ADAPT kéo dài bốn năm của EU, một nhóm quốc tế do Đại học Vienna đứng đầu và có sự tham gia của Đại học Bonn hiện đã nghiên cứu cách thực hiện điều này.

 

Các nhà nghiên cứu đã thành công trong việc xác định các tính trạng cụ thể và phản ứng phân tử có thể rất quan trọng đối với việc trồng khoai tây trong tương lai. Những phát hiện mới nhất này sẽ được đưa vào thực tế trong một dự án tiếp theo.

 

Khoai tây là một trong những cây lương thực quan trọng nhất trên thế giới. Một mối đe dọa lớn chắc chắn đối với năng suất củ và chất lượng cao của loại thực phẩm cơ bản này trong tương lai là mức độ dễ bị ảnh hưởng của nhiệt độ cao và hạn hán - hai hiện tượng mà biến đổi khí hậu đang gây ra ngày càng thường xuyên, cùng nhau hoặc liên tiếp.

 

Thời tiết nóng và hạn hán thường xảy ra sau lũ lụt cục bộ do mưa lớn, có thể phá hủy toàn bộ vụ thu hoạch trong vòng vài ngày. Tuy nhiên, cho đến gần đây, người ta vẫn biết rất ít về cách khoai tây phản ứng với những căng thẳng này.

 

Sau bốn năm nghiên cứu chuyên sâu, một nhóm nghiên cứu quốc tế do Đại học Vienna đứng đầu hiện đã cung cấp một số hiểu biết cơ bản quan trọng về cách cây này có thể ứng phó với biến đổi khí hậu. Các nhà nghiên cứu đã đưa ra một số phát hiện có giá trị về cách cây khoai tây phản ứng với thời tiết nóng và khô cũng như tình trạng ngập úng bởi các cánh đồng bị ngập lụt.

 

Họ đã lấy mẫu từ cây khoai tây trong các giai đoạn sinh trưởng quan trọng của chúng và thực hiện việc đo đếm để nghiên cứu các tính trạng cụ thể và các phản ứng thích nghi ở cấp độ phân tử mà giúp canh tác các giống khoai tây thích nghi tốt hơn trong tương lai.

 

Trong các thí nghiệm ngoài đồng, bao gồm một khu vực từ Tây Ban Nha và Serbia đến Áo và Hà Lan và liên quan đến khoảng 50 giống được trồng trong nhiều điều kiện khí hậu khác nhau, nhóm nghiên cứu đã xác định được một số khác biệt đáng kể về tính ổn định năng suất của từng giống.

 

Mặc dù nhiều giống thường cho năng suất cao hơn trong điều kiện lý tưởng, nhưng điều kiện căng thẳng cực độ mà chúng ta đã thấy trong những năm gần đây cho thấy các giống năng suất có xu hướng thấp hơn một chút lại tỏ ra đặc biệt ổn định về mặt năng suất dưới điều kiện căng thẳng. Câu hỏi hiện cần được trả lời là điều gì khiến các giống này có khả năng thích ứng tốt hơn nhiều trong điều kiện hạn hán và nhiệt độ khắc nghiệt.

 

Để đạt được mục đích này, các đánh giá ngoài đồng đã được bổ sung bằng các thí nghiệm được tiến hành trong nhà kính và trong phòng thí nghiệm, nơi các điều kiện căng thẳng có thể được điều chỉnh chính xác và các phản ứng với căng thẳng có thể được quan sát ở cấp độ tế bào - tức là “sự sống”.

 

Ví dụ, tại Đại học Bonn, nhóm làm việc do Giáo sư Ute Vothknecht từ Viện Thực vật học Tế bào và Phân tử đứng đầu đã làm việc với các đồng nghiệp từ Đại học Durham và Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg để phát triển các giống khoai tây có khả năng truyền tin thứ cấp như canxi để phân tích. Đây là chìa khóa để chuyển đổi những thay đổi được nhận thức trong điều kiện môi trường thành phản ứng của tế bào.

 

Các thí nghiệm cho phép nhóm ADAPT theo dõi những thay đổi về chuyển hóa dựa trên các kiểu biểu hiện gen, hormone hoặc chất chuyển hóa và xác định các dấu hiệu căng thẳng cụ thể. Các nhà nghiên cứu đã đặt ra một số nền tảng có giá trị để phát triển các chỉ thị (markers) cho cách trồng khoai tây trong tương lai.

 

Dự án ADAPT của EU đã tập hợp chuyên môn bổ sung cho nhau của 10 viện nghiên cứu khoa học hàng đầu, bốn người trồng khoai tây, một nhà phát triển công nghệ sàng lọc, một cơ quan và một liên minh phi lợi nhuận của EU để nghiên cứu các cơ chế hỗ trợ khả năng thích ứng nhiều loại căng thẳng của khoai tây.

 

“Chính sự kết hợp này đã giúp chúng tôi giải quyết những thách thức phức tạp này ở cấp độ cao như vậy và dựa trên nhu cầu của cộng đồng và các bên liên quan khác nhau”, Tiến sỹ Markus Teige, nhà sinh học tế bào tại Đại học Vienna, người đứng đầu dự án, giải thích về cách tiếp cận của nhóm. “Tôi tin rằng đây là con đường đúng đắn để nghiên cứu trong tương lai về các loại cây trồng có khả năng chống chịu với khí hậu tốt hơn và đây là con đường nên được thực hiện trong các dự án tiếp theo”.

 

Nguyễn Tiến Hải theo Phys.org

Phân tích GWAS và biểu hiện gen CYP450 của cây khoai lang (Ipomoea batatas L.)

 Phân tích GWAS và biểu hiện gen CYP450 của cây khoai lang (Ipomoea batatas L.)

Nguồn: Xiongjian LinBinquan TangZhenqin LiLei ShiHongbo Zhu. 2024. Genome-wide identification and expression analyses of CYP450 genes in sweet potato (Ipomoea batatas L.). BMC Genomics; 2024 Jan 13; 25(1):58. doi: 10.1186/s12864-024-09965-x.

 

Cytochrome P450 monooxygenases (CYP450s) có vai trò cực trọng trong nhiều phản ứng sinh hóa khác nhau bao gồm tổng hợp những  antioxidants, sắc tố, polymers cấu trúc, và hợp chất liên quan đến tự vệ của cây. Khoai lang (Ipomoea batatas L.) có vai trò quan trọng về kinh tế nông nghiệp, một phân tích đầy đủ họ gen CYP450 trong loài khoai lang có thể là những kết quả liên quan đến sự tiến hóa và đặc điểm về chức năng của họ gen này.

 

Trong nghiên cứu, người ta phân lập thành công và liệt kê danh mục 95 gen thuộc họ CYP450 trong hệ gen cây khoai lang, cụ thể là 5 họ và 31 subfamilies (họ phụ). Kết quả định vị gen cho thấy CYP450s phân bố tại hệ thống màng tế bào. Vùng promoter của gen IbCYP450 có nhiều cis-acting elements khác nhau liên quan đến hormones thực vật và  phản ứng với stress. Bên cạnh đó, có 10 motifs bảo tồn (Motif1-Motif10) đã được xác định trong họ protein IbCYP450, với 5 gen thiếu introns và chỉ có một exon. Người ta quan sát thấy có sự kiện “duplication” (tự tái bản) rất phổ biến trong họ gen CYP450, giải thích được sự mở rộng của nó. Phân tích “gene duplication” (tự tái bản gen) cho thấy có sự hiện diện của 15 cặp gen với hiện tượng lặp đoạn tuần tự (tandem repeats). Phân tích “interaction network” cho kết quả là họ IbCYP450 có thể tương tác với nhiều gen đích khác và có hiện tượng tương tác protein x protein trong họ gen này. Phân tích tương tác TFs cho thấy họ IbCYP450 tương tác với với nhiều yếu tố phiên mã. Hơn nữa, kết quả phân tích biểu hiện gen cho thấy thành phần biểu hiện ở mô chuyên biệt, các gen CYP450 trong khoai lang, phản ứng với stress phi sinh học và hormones thực vật. Chú ý,  kết quả phân tích qRT‒PCR cho thấy có sự tham gia của các gen CYP450 trong hệ thống tự vệ chống lại stress phi sinh học của cây khoai lang.

 

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38218763/

 

Vị trí của các gen IbCYP trên nhiễm sắc thể. Đơn vị căn bản là 5.0 Mb.