Xác định trong hệ gen rộng đối với họ gen DUF668 của khoai lang [Ipomoea batatas (L.) Lam] liên quan đến tính chống chịu khô hạn và mặn
Nguồn: Enliang Liu, Zhiqiang Li, Zhengqian Luo, Linli Xu, Ping Jin, Shun Ji, Guohui Zhou, Zhenyang Wang, Zhilin Zhou, Hua Zhang. 2023. Genome-Wide Identification of DUF668 Gene Family and Expression Analysis under Drought and Salt Stresses in Sweet Potato [Ipomoea batatas (L.) Lam]. Genes (Basel); 2023 Jan 14; 14(1):217. doi: 10.3390/genes14010217.
Domain không rõ chức năng 668 (DUF668) là một họ gen có vai trò quan trọng trong phản ứng với stress mang tính cưỡng chế trong thực vật (adversity coercion). Tuy nhiên, chức năng của họ gen này DUF668 chưa được hiểu hết trong cây khoai lang. Người ta áp dụng tin sinh học (bioinformatics) để phân tích đặc điểm lý hóa, định lượng số gen, sự tiến hóa, kiến trúc, và các nguyên tố “promoter cis-acting” của họ gen IbDUF668, thực hiện RNA-seq và qRT-PCR để tìm kiếm và giải thích sự biểu hiện gen, sự điều tiết gen trong nghiệm thức xử lý hormone và stress phi sinh học. Tổng số 14 IbDUF668 proteins được người ta xác định trong khoai lang, chúng phân bố trong 9 nhiễm sắc thể. Theo phân tích di truyền huyết thống, các protein IbDUF668 có thể được chia ra thành hai subfamilies. Phổ biểu hiện transcriptome cho thấy có nhiều gen thuộc họ DUF668 trong cây khoai lang biểu hiện tính chuyên biệt (specificity) và biểu hiện tính đặc trưng riêng có (differential expression) trong điều kiện bị xử lý lạnh, nhóng, khô hạn, mặn và hormones (ABA, GA3 và IAA). Bốn gen (IbDUF668-6, 7, 11 và 13) của cây khoai lang điều tiết biểu hiện gen theo kiểu “up” qua kết quả qRT-PCR trong nghiệm thức xử lý ABA, khô hạn và mặn. Họ gen DUF668 hiện diện trong cây khi phản ứng với khô hạn, mặn, kết quả này cung cấp thông tin căn bản cơ chế của gen DUF668 trong cây.
Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36672958/
Hình: Vị trí trên nhiễm sắc thể của các gen DUF668 trong cây khoai lang Ipomoea batatas (L.) Lam.
Không có nhận xét nào:
Đăng nhận xét