Minh chứng và chọn gen tham chiếu trong cây khoai lang kháng bệnh virus

 Minh chứng và chọn gen tham chiếu trong cây khoai lang kháng bệnh virus

Nguồn: Guangyan Li, Xiaohui Sun, Xiaoping Zhu, Bin Wu, Hao Hong, Zhimei Xin, Xiangqi Xin, Jiejun Peng, Shanshan Jiang. 2023. Selection and Validation of Reference Genes in Virus-Infected Sweet Potato Plants. Genes (Basel); 2023 Jul 19; 14(7):1477. doi: 10.3390/genes14071477.

 

Kỹ thuật quantitative real-time PCR (qRT-PCR) trong cây khoai lang yêu cầu phải chuẩn hóa tư liệu chính xác; tuy nhiên, chưa có đủ số gen tham chiếu một cách hợp lý để phân tích biểu hiện gen. Người ta xem xét biến thiên di truyền trong biểu hiện của tám gen tham chiếu ứng cử viên (candidate reference genes) ở lá khoai lang và mô rễ (tám mẫu có virus xâm nhiễm và tám mẫu không có virus xâm nhiễm). Kết hợp phân tích đồng thời với phần mềm geNorm, NormFinder, và Best-Keeper cho thấy sự xâm nhiễm của virus khác nhau và các mô nguồn gốc ảnh hưởng đến mức độ biểu hiện các gen này. Kết quả đánh giá của ba phần mềm nói trên, “adenosine diphosphate-ribosylation factor” dều thích hợp cho lá khoai lang nhiễm virus và không nhiễm virus. Các protein Cyclophilin và ubiquitin thích hợp cho lá khoai lang không nhiễm virus. Phospholipase D1 alpha thích hợp cho lá khoai lang nhiễm virus. Actin thích hợp cho rễ khoai lang không nhiễm virus. Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase thích hợp cho rễ khoai lang nhiễm virus. Kết quả nghiên cứu cung cấp nhiều gen tham chiếu tương ứng cho thâm cứu mẫu lá và rễ khoai lang có virus xâm nhiễm.

 

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37510381/

 

Hình: Biểu diễn đồ họa của cơ sở dữ liệu “các gen tham chiếu ứng cử viên”. (A) Biểu hiện của “candidate reference genes” trong lá khoai lang bệnh. (B) Biểu hiện của “candidate reference genes” tại rễ bệnh. Mô phỏng toán “univariate analysis of variance” chỉ ra mức độ ý nghĩa thống kê với chữ đính kèm. Tám “candidate reference genes” là adenosine diphosphate-ribosylation factor (ARF), glyceraldehyde−3−phosphate dehydrogenase (GAP), phospholipase D1 alpha (PLD), Ubiquitin (UBI), actin (ACT), 18S ribosomal RNA (18S), alpha tubulin (ATUB), và cyclophilin (CYP).